В игре существуют семь концовок. Достижение той или иной концовки определяется выбором и выполнением (либо невыполнением) различных заданий, а также некоторыми показателями игрока (количество денег, рейтинг-репутация).

Концовки с участием «Монолита» (т. н. «ложные» концовки[источник не указан 29 дней]):
«Власть» — хочет иметь власть над всем, и его душа уходит в монолит. Условие: убить лидеров группировок «Свобода» и «Долг» Лукаша и генерала Воронина.
«Богатство» — с крыши сыплются гайки (сталкер, обманутый Монолитом, видит, как с неба сыпятся золотые монеты), а потом рушится крыша (сталкер этого уже не видит). В результате герой остаётся под завалом обломков крыши. Условие: игрок накопил много денег, больше 50 тысяч рублей, при этом лидеры группировок живы.
«Апокалипсис» — загадывает, чтобы человечество исчезло, так как само этого заслужило. Исчезает в темноте после серии галлюцинаций. Условие: очень низкая репутация — меньше 1000 (много убитых сталкеров), денег меньше 50 тысяч рублей, лидеры группировок живы.
«Чтобы зона исчезла» — загадывает, чтобы зона исчезла — показывают цветущий окружающий мир, но это иллюзия, герой слепнет. Условие: хорошая репутация, убить много монстров, денег меньше 50 тысяч рублей, лидеры группировок живы.
«Бессмертие» — превращается в замороженную статую. Условие: Много аптечек, бинтов и артефактов на увеличение здоровья, денег меньше 50 тысяч рублей, лидеры группировок живы.

Концовки с участием «О-сознания» (т. н. «правильные» концовки[источник не указан 29 дней]):
«Присоединение к группе „О-сознание"» — присоединяется к группе «О-сознание» (создатели Зоны) и ложится в автоклав. Потом идёт небольшое видео с Доктором.Условие: согласиться присоединиться к группе «О-сознание».
«Мир на земле» — Истинная концовка. Появляется возможность пройти дополнительный уровень, состоящий из цепочки участков на крышах строений у саркофага ЧАЭС, на которые главный герой попадает с помощью телепортов. По завершении пути, попадает в помещение, где расстреливает автоклавы, в которых находятся те, кто присоединился к группе «О-сознание», после чего обретает покой. Условие: дойти до самого конца игры, отказавшись от присоединения к «О-сознанию».